1999年是新中国成立50周年，共青团在组织团员、青年开展纪念活动的时候，确定“党在我心中”、“永远跟党走”作为活动的主题，广泛开展宣传教育活动。在此期间，团中央先后下发《关于认真学习贯彻江泽民同志在庆祝中国共产党成立80周年大会上的重要讲话的通知》、《关于深入学习江泽民同志“三个代表重要思想的通知》和《关于深入学习江泽民同志在纪念中国共产主义青年团成立80周年大会上重要讲话的通知》，对全团认真学习宣传贯彻“三个代表”重要思想进行了部署；党的十六大召开之后，团中央通过了《关于组织团员青年认真学习贯彻党的十六大精神的决议》,部署全团学习十六大精神。

        团中央始终把用邓小平理论和“三个代表”重要思想武装全团、教育青年作为首要政治任务，按照抓活动、抓实践、抓骨干的思路,在全团深入开展学习邓小平理论和“三个代表”重要思想的活动，不断掀起理论学习新高潮，努力使邓小平理论和“三个代表”重要思想在团员青年中入脑、入心。在学习期间，团中央充分发挥团属新闻舆论阵地的作用，积极开辟网上青少年思想教育新阵地，以扩大对团员青年的政治思想教育的影响和增强其效果。

       深入扎实的思想政治工作在实践中也显示出明显的效果，当1999年出现两项始料未及的斗争时，广大团员、青年以良好的政治素质、强烈的爱国精神展示了跨世纪青年的风采。当中国驻南斯拉夫使馆遭到以美国为首的北约集团的导弹袭击以后，全团按照江泽民总书记在欢迎中国驻南工作人员大会上的重要讲话、胡锦涛代表党中央发表的重要电视讲话精神和党中央的统一部署，引导广大团员特别是青年学生抗议以美国为首的北约暴行，充分表达了中国青年强烈的民族义愤和维护国家主权、民族尊严的爱国热情。

同时引导团员青年把满腔义愤化为成才报国、振兴中华的强大动力，维护了社会稳定。在反对“两国论”的斗争中，共青团组织通过全国青联和地方青联对李登辉的“两国论”进行了强烈谴责，表明了全国广大青年坚定不移地拥护江泽民主席提出的推进祖国统一的八项主张，坚持一个中国的原则，坚决反对任何形式的分裂活动的鲜明态度和实现祖国统一、民族复兴的强烈愿望。